Las enzimas alimenticias están presentes en alimentos crudos. Inician el proceso de digestión en la boca y el estómago superior. Se llaman proteasas las enzimas que digieren las proteínas, lipasas las que digieren las grasas y amilasas las que digieren los hidratos de carbono.

Las amilasas presentes en la saliva contribuyen a la digestión de los hidratos de carbono mientras que éstos son mascados, y todas las enzimas que se encuentran en la comida continúan este proceso mientras ésta permanece en la parte superior del estómago. En esta parte el estómago no segrega ningún jugo digestivo, sino que actúa más o menos como el primer estómago de los animales rumiantes. Es como un tanque de almacenamiento donde las enzimas presentes en los alimentos crudos hacen su trabajo en lo que hemos comido antes de que esta masa más o menos parcialmente digerida pase al estómago inferior, sobre 30 minutos después de que la comida es ingerida.
La secreción de ácido hidroclorhídrico ocurre sólo en el estómago inferior y está estimulada por el paso de la comida desde el estómago superior al inferior. El ácido hidroclorhídrico no digiere la carne, como se cree co-múnmente, pero activa la enzima pepsinogen a su forma activa pepsina que digiere las proteínas.
La investigación de las enzimas ha revelado la importancia de los alimentos crudos en la dieta. Las enzimas en los alimentos crudos ayudan a empezar el proceso de la digestión y reducen la necesidad del cuerpo de producir enzimas digestivas. Todas las enzimas son desactivadas a una temperatura húmeda de 48ºC, y a una temperatura seca de 65ºC. Gracias a uno de los perfectos diseños de la naturaleza los alimentos y los líquidos a 47 grados pueden tocarse sin hacerse daño, pero los líquidos que estén a más de 48 grados quemarán. Así pues todos nosotros tenemos un mecanismo en nuestro cuerpo para determinar si la comida que estamos comiendo tiene todavía su contenido enzimático intacto.
Una dieta compuesta exclusivamente por alimentos cocinados somete a severa presión al páncreas, agotando sus reservas. Si el páncreas es constantemente estimulado para producir las enzimas que deberían estar en la comida, el resultado con el tiempo sería pérdida de su función. Los humanos cuya dieta es pobre en enzimas, consistente principalmente en comida cocinada, usan una cantidad tremenda de su potencial enzimático en la generación de secreciones del páncreas y otros órganos digestivos. El resultado, según el doctor Edward Howell, un destacado pionero en el campo de la investigación de enzimas, es una vida corta, enfermedades, y menos resistencia al estrés de todos los tipos. Señala que los humanos y animales con una dieta que comprende mayormente comida cocinada tienen el páncreas agrandado mientras que otras glándulas y órganos, notablemente el cerebro, se empequeñecen. Sin embargo, su investigación encubrió el hecho de que el cuerpo recicla enzimas absorbiéndolas a través del intestino y el colon y transportándolas en la sangre de nuevo al intestino delgado para ser usadas otra vez. El cuerpo está diseñado para conservar sus preciosas enzimas. (Si no fuera así, muchos de nosotros ya hubiéramos muerto porque no consumimos casi ningún alimento con su contenido enzimático).
El doctor Howell formuló el siguiente axioma de enzimas en la nutrición (Enzyme Nutrition Axiom): "La duración de la vida es inversamente proporcional a la tasa de agotamiento del potencial enzimático de un organismo". El incremento de la ingesta de enzimas alimenticias promueve una disminución de la tasa de agotamiento del potencial enzimático. Otra regla puede expresarse de la siguiente forma: Alimentos enteros proporcionan una buena salud; los alimentos ricos en enzimas proveen una energía ilimitada.
Casi todas las sociedades tradicionales incorporan comidas ricas en enzimas en sus cocinas; no sólo alimentos vegetales sino también proteínas y grasas animales crudas en la forma de lácteos crudos, carnes y órganos crudos, y pescado crudo. Estas dietas también incluyen tradicionalmente una cierta cantidad de alimentos cultivados o fermentados, que tienen un contenido enzimático que es realzado por el proceso de fermentación o cultivo. La dieta de los esquimales, por ejemplo, está compuesta de una gran porción de pescado crudo al que se le ha dejado "predigerirse", esto es, se ha pudrido un poco o semi ranciado. Ellos atribuyen su resistencia a esta comida predigerida. El cultivo de productos lácteos, que se encuentra universalmente entre pueblos no industrializados, realza el contenido enzimático de la leche, nata, mantequilla y queso.

De Nourishing Traditions: The Cookbook That Challenges Politically Correct Nutrition and the Diet 
Dictocrats por Sally Fallon and Mary G Enig, Ph D.
Para saber más: Enzyme Nutrition and Food Enzymes for Health and Longevity por Edward Howell.